"Campos personalizados não são atualizados ao salvar o projeto."
No entanto não há problema algum com o produto. Os campos personalizados APENAS são atualizados durante a publicação do projeto.
Os motivos para isso são vários, mas tudo basicamente por questões de desempenho. Campos personalizados usam fórmulas que por sua vez processam inúmeras informações, e esses campos podem ser adicionados à visualização padrão da Central de Projetos. Agora imagine a quantidade de acesso que isso gera na base de dados. Se ele fosse considerar as alterações salvas nos projetos, seria tudo em dobro. Pois também para obter um experiência de usuário mais fluída o Project Server divide as bases em "Draft" (rascunho) e "Published" (publicado), tudo que você altera no projeto fica na base Draft até que você publique. Se o Project Server fosse processar os campos customizados a cada salvamento, toda vez que algum usuário entrasse numa visualização que mostrasse os campos personalizados, seria necessário percorrer toda a base Published e mais a base Draft para processar. Além que de se um usuário apenas alterasse um campo por engano e salvasse, o campo personalizado, que muitas vezes é utilizado como indicador seria atualizado, o que aumentaria a incidência de informação incoerente para os níveis gerencias.
Se no seu caso seria interessante que os campos atualizem sem que os proprietários dos projetos publiquem manualmente você pode usar um dos caminhos abaixo:
Script PowerShell para publicar todos os projetos
Publicar projeto baseado em um campo personalizado (customizado) do projeto
Configurar projetos para publicarem automaticamente
Para saber mais sobre campos personalizados: